Das Herz von Jenin erzählt die wahre Geschichte von Ismael Khatib, dessen 12-jähriger Sohn Ahmed 2005 im Flüchtlingslager von Jenin von Kugeln israelischer Soldaten tödlich am Kopf getroffen wird. Nachdem die Ärzte im Krankenhaus nur noch Ahmeds Hirntod feststellen können, entscheidet der Palästinenser Ismael, die Organe seines Sohnes sechs israelischen Kindern zu spenden und damit deren Leben zu retten. Zwei Jahre später begibt er sich auf eine Reise quer durch Israel, um diese Kinder zu besuchen. Eine schmerzhafte und zugleich befreiende Reise, denn durch die Kinder kommt Ismael auch seinem Sohn wieder ganz nah.